Lietuvos Respublikos aplinkos apsaugos departamento kompetencija:
1) teikti privalomas išvadas projektus tvirtinantiems organams aplinkos apsaugos klausimais dėl ūkinės ir kitos veiklos objektų išdėstymo, statybos, rekonstravimo ir perspektyvinio plėtojimo;
2) sustabdyti ūkinės ir kitos veiklos objektų statybą bei rekonstravimą, jeigu nesilaikoma aplinkos apsaugos reikalavimų;
3) sustabdyti ar apriboti įmonių, įstaigų ir organizacijų veiklą, jeigu pažeidžiami aplinkos apsaugos įstatymai, neįgyvendintos aplinkos apsaugos priemonės arba jų veikla neatitinka aplinkos apsaugos normatyvų ir standartų;
4) teikti Lietuvos Respublikos Aukščiausiajai Tarybai valstybinių rezervatų, draustinių, nacionalinių ir gamtos parkų, kitų saugomų teritorijų steigimo projektus;
5) skelbti objektus gamtos paminklais;
6) teikti pretenzijas ir ieškinius dėl žalos atlyginimo už aplinkos teršimą ir neracionalų gamtos išteklių naudojimą, rengti ir tvirtinti žalos apskaičiavimo metodikas bei taksas;
7) nagrinėti bylas dėl administracinės atsakomybės už aplinkos apsaugos įstatymų pažeidimus ir skirti nuobaudas, šiurkščiai pažeidusius aplinkos apsaugos įstatymą pareigūnus siūlyti atleisti iš pareigų;
8) išduoti leidimus gamtos ištekliams tirti, naudoti, buitinėms ir gamybinėms atliekoms sandėliuoti bei laidoti, taip pat kenksmingoms medžiagoms išmesti į aplinką, nustatyti teršiančių medžiagų išmetimų normatyvus ir taisykles;
9) pagal savo kompetenciją išduoti leidimus sprogdinimo, hidrotechnikos darbams, nustatyti plaukiojimo motorinėmis vandens transporto priemonėmis gamtosauginius apribojimus;
10) stabdyti ir tikrinti Lietuvos Respublikos bei užsienio valstybių laivus, kitas plaukiojančias priemones vidaus, teritoriniuose vandenyse ir ekonominėje zonoje valstybinei aplinkos apsaugos kontrolei vykdyti;
11) gauti iš Lietuvos Respublikos Vyriausybės rengiamų sprendimų projektus ir informaciją gamtos išteklių naudojimo ir aplinkos apsaugos klausimais, kreiptis į Lietuvos Respublikos Aukščiausiąją Tarybą dėl Vyriausybės aktų, kuriais pažeidžiami aplinkos apsaugos reikalavimai, pripažinimo negaliojančiais;
12) gauti iš ministerijų, žinybų, savivaldybių, įmonių, įstaigų ir organizacijų žinias ir statistinius bei kitus duomenis gamtos išteklių naudojimo ir aplinkos apsaugos klausimais;
13) gauti iš įmonių, įstaigų ir organizacijų vadovų bei kitų darbuotojų žodinius ir raštiškus pasiaiškinimus, pažymas, dokumentų nuorašus apie gamtos išteklių naudojimą ir aplinkos apsaugą.