1. Valstybinei mokesčių inspekcijai prie Finansų ministerijos vadovauja viršininkas. Jį į pareigas priima ir iš pareigų atleidžia finansų ministras Valstybės tarnybos įstatymo nustatyta tvarka.
2. Valstybinės mokesčių inspekcijos prie Finansų ministerijos struktūrą tvirtina jos viršininkas, suderinęs su finansų ministru.
3. Valstybinė mokesčių inspekcija prie Finansų ministerijos pavaldi ir atskaitinga Finansų ministerijai.
