Įsigaliojus šiam Įstatymui, netenka galios šie įstatymai:
1) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymas (Žin., 1995, Nr. 61-1525);
2) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio papildymo įstatymas (Žin., 1996, Nr. 57-1342);
3) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo papildymo 26(1) straipsniu įstatymas (Žin., 1996, Nr. 59-1404);
4) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5, 8, 11, 17, 25, 50, 52, 55, 56 straipsnių pakeitimo įstatymas (Žin., 1996, Nr. 66-1574);
5) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 25, 39, 49, 50, 52, 54, 55, 56 straipsnių pakeitimo ir papildymo 39(1) straipsniu įstatymas (Žin., 1997, Nr. 17-362);
6) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 49 ir 50 straipsnių pakeitimo įstatymas (Žin., 1997, Nr. 27-622);
7) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 26(1) straipsnio pakeitimo įstatymas (Žin., 1997, Nr. 28-660);
8) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 2, 16, 17, 28, 33, 37, 38, 39, 40, 47, 48, 50, 55 ir 56 straipsnių pakeitimo įstatymas (Žin., 1997, Nr. 66-1594);
9) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 7 straipsnio pakeitimo įstatymas (Žin., 1997, Nr. 117-2995);
10) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 2, 17, 26, 26(1), 27, 29, 30, 31, 32, 33, 37, 38, 39, 39(1), 49, 50, 52, 54, 55, 56, 57, 58 straipsnių papildymo ir pakeitimo bei papildymo 27(1), 27(2), 29(1), 52(1), 56(1) straipsniais ir 47, 48 straipsnių pripažinimo netekusiais galios įstatymas (Žin., 1998, Nr. 68-1978);
11) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio papildymo ir pakeitimo įstatymas (Žin., 1998, Nr. 90-2483);
12) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 22 straipsnio papildymo ir pakeitimo įstatymas (Žin., 1998, Nr. 95-2635);
13) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 17 ir 25 straipsnių papildymo įstatymas (Žin., 1998, Nr. 114-3190);
14) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 2, 17, 38 straipsnių papildymo ir pakeitimo bei papildymo 38(1) straipsniu įstatymas (Žin., 1999, Nr. 36-1060);
15) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 39, 50 straipsnių papildymo ir pakeitimo įstatymas (Žin., 1999, Nr. 62-2034);
16) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio pakeitimo įstatymas (Žin., 1999, Nr. 66-2126);
17) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 42 straipsnio pakeitimo ir 46 straipsnio pripažinimo netekusiu galios įstatymas (Žin., 1999, Nr. 84-2493);
18) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5, 17, 32, 33, 34, 35, 36, 37 straipsnių pakeitimo, 29(1) straipsnio pripažinimo netekusiu galios ir papildymo 32(1) straipsniu įstatymas (Žin., 1999, Nr. 101-2903);
19) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 29 straipsnio pakeitimo įstatymas (Žin., 2000, Nr. 15-381);
20) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 29 straipsnio papildymo įstatymas (Žin., 2000, Nr. 22-555);
21) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 16 straipsnio papildymo ir pakeitimo įstatymas (Žin., 2000, Nr. 61-1823);
22) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 29 ir 38 straipsnių pakeitimo įstatymas (Žin., 2000, Nr. 64-1917);
23) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 ir 25 straipsnių papildymo įstatymas (Žin., 2000, Nr. 83-2510);
24) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio pakeitimo ir papildymo įstatymas (Žin., 2000, Nr. 113-3607);
25) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 17, 25 ir 29 straipsnių pakeitimo įstatymas (Žin., 2001, Nr. 31-1014);
26) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio papildymo įstatymas (Žin., 2001, Nr. 39-1326);
27) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio papildymo įstatymas (Žin., 2001, Nr. 52-1812);
28) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo pakeitimo ir papildymo įstatymas (Žin., 2001, Nr. 62-2211);
29) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio pakeitimo įstatymas (Žin., 2001, Nr. 62-2212);
30) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo papildymo 5(1) straipsniu įstatymas (Žin., 2001, Nr. 71-2514);
31) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 ir 7 straipsnių papildymo įstatymas (Žin., 2002, Nr. 15-553);
32) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 16 straipsnio pakeitimo ir Įstatymo papildymo 27(3) straipsniu įstatymas (Žin., 2002, Nr. 33-1254);
33) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 29 straipsnio pakeitimo įstatymas (Žin., 2002, Nr. 45-1703);
34) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio pakeitimo ir papildymo įstatymas (Žin., 2002, Nr. 51-1931);
35) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 ir 7 straipsnių papildymo įstatymas (Žin., 2002, Nr. 56-2230);
36) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 2, 8, 19, 27, 29, 38, 38(1), 50, 52(1), 56(1) straipsnių pakeitimo ir Įstatymo papildymo 26(2) straipsniu įstatymas (Žin., 2002, Nr. 65-2628);
37) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio pakeitimo ir papildymo įstatymas (Žin., 2002, Nr. 73-3087);
38) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 29 straipsnio pakeitimo įstatymas (Žin., 2002, Nr. 101-4497);
39) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 26(1) straipsnio papildymo įstatymas (Žin., 2002, Nr. 112-4968);
40) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio papildymo įstatymas (Žin., 2002, Nr.112-4978);
41) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 2, 7, 14, 16, 17, 18, 22, 27, 29, 32, 39(1), 54, 56, 57, 58 straipsnių pakeitimo ir papildymo bei Įstatymo papildymo 6(1) ir 57(1) straipsniais įstatymas (Žin., 2002, Nr. 123-5516);
42) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 16 ir 27 straipsnių pakeitimo įstatymas (Žin., 2003, Nr. 38-1711);
43) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio pakeitimo įstatymas (Žin., 2003, Nr. 47-2060);
44) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 2 straipsnio papildymo ir 26(1), 37 straipsnių pakeitimo įstatymas (Žin., 2003, Nr. 68-3069);
45) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5 straipsnio papildymo įstatymas (Žin., 2003, Nr. 73-3344);
46) Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 5, 6(1) ir 7 straipsnių papildymo ir pakeitimo įstatymas (Žin., 2003, Nr. 104-4635).