Mokestinių ginčų komisija nagrinėja:
1) mokestinius ginčus, kylančius tarp mokesčių mokėtojo ir centrinio mokesčių administratoriaus;
2) mokesčių mokėtojo ir centrinio mokesčių administratoriaus mokestinius ginčus dėl centrinio mokesčių administratoriaus sprendimų, priimtų išnagrinėjus mokesčių mokėtojų skundus dėl vietos mokesčių administratoriaus sprendimų;
3) mokesčių mokėtojo ir centrinio mokesčių administratoriaus mokestinius ginčus, kai centrinis mokesčių administratorius per šio Įstatymo nustatytus terminus nepriėmė sprendimo dėl mokestinio ginčo.