14. Departamento veikla organizuojama vadovaujantis ministro patvirtintais metiniais Departamento veiklos planais. Departamento metiniai veiklos planai rengiami vadovaujantis Strateginio planavimo metodika, patvirtinta Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2002 m. birželio 6 d. nutarimu Nr. 827 „Dėl Strateginio planavimo metodikos patvirtinimo“. Departamento metinio veiklos plano vykdymo vertinimą atlieka Ministerijos Centralizuotas vidaus audito skyrius. Departamento metiniai veiklos planai skelbiami Departamento interneto svetainėje.
15. Departamento veikla reglamentuojama Departamento direktoriaus tvirtinamu darbo reglamentu, vidaus tvarkos taisyklėmis, administracijos padalinių nuostatais ir valstybės tarnautojų ir darbuotojų pareigybių aprašymais.
17. Departamentui vadovauja direktorius, kurį priima į pareigas ir Lietuvos Respublikos valstybės tarnybos įstatymo nustatyta tvarka (ne politinio (asmeninio) pasitikėjimo pagrindu) iš jų atleidžia ministras.
19. Departamento direktorius atlieka šias funkcijas:
19.1. organizuoja Departamento darbą taip, kad būtų įgyvendinami Departamento veiklos tikslai ir atliekamos Departamento funkcijos;
19.2. įstatymų nustatyta tvarka atstovauja Departamentui arba suteikia įgaliojimus Departamento valstybės tarnautojams ir darbuotojams atstovauti Departamentui teisme ir kitose institucijose ir įstaigose, palaikant santykius su trečiaisiais asmenimis;
19.3. skiria atstovus dalyvauti tarptautinių ir Europos standartizacijos organizacijų darbo grupėse ar komisijose;
19.4. užtikrina, kad Departamento veikloje būtų laikomasi įstatymų ir kitų teisės aktų;
19.5. priima įsakymus, pasirašo įgaliojimus ir kitus vidaus administravimo dokumentus bei kontroliuoja, kaip jie vykdomi;
19.6. teikia ministrui tvirtinti Departamento administracijos struktūrą;
19.7. tvirtina administracijos padalinių nuostatus, Departamento valstybės tarnautojų ir darbuotojų pareigybių sąrašus, neviršydamas darbo užmokesčiui nustatytų lėšų ir ekonomikos ir inovacijų ministro patvirtinto didžiausio leistino valstybės tarnautojų ir darbuotojų pareigybių skaičiaus, taip pat tvirtina kitus vidaus administravimo teisės aktus;
19.8. vadovaudamasis Lietuvos Respublikos valstybės tarnybos įstatymu, kitais įstatymais ir teisės aktais, priima į pareigas ir atleidžia iš jų Departamento valstybės tarnautojus, sudaro ir nutraukia darbo sutartis su Departamento darbuotojais, dirbančiais pagal darbo sutartis, komandiruoja juos atlikti tarnybinių užduočių, skatina juos ir skiria jiems tarnybines nuobaudas, priima sprendimus dėl darbuotojų, dirbančių pagal darbo sutartis, darbo pareigų pažeidimo, skiria pašalpas, tvirtina jų pareigybių aprašymus, atlieka kitas personalo valdymo funkcijas;
19.9. pasirašo (tvirtina) sutartis (susitarimus), sudaromas (-us) pagal Departamento kompetenciją, organizuoja ir kontroliuoja jų įgyvendinimą;
19.10. valdo Departamentui skirtus Lietuvos Respublikos valstybės biudžeto asignavimus ir priima sprendimus, susijusius su finansų valdymu, pasirašo įgaliojimus ir kitus dokumentus;
19.11. užtikrina racionalų ir taupų Departamento lėšų bei turto naudojimą, veiksmingą Departamento vidaus kontrolės sistemos sukūrimą, jos veikimą ir tobulinimą;
19.12. atlieka buhalterinės apskaitos organizavimo funkcijas, numatytas Departamento ir centralizuotos apskaitos įstaigos sutartyje;
19.13. kasmet teikia Ministerijai Departamento metinę veiklos ataskaitą, ministro reikalavimu atsiskaito už Departamento veiklą;
19.14. atlieka kitas įstatymų ar kitų teisės aktų jam pavestas funkcijas.
20. Departamento direktorius turi pavaduotoją, kurį į pareigas priima ir iš jų atleidžia Departamento direktorius Lietuvos Respublikos valstybės tarnybos įstatymo nustatyta tvarka. Departamento direktoriaus pavaduotojas yra tiesiogiai pavaldus ir atskaitingas Departamento direktoriui.
21. Departamento direktoriaus pavaduotojas:
21.1. koordinuoja ir kontroliuoja Departamentui pavestų tikslų įgyvendinimą ir funkcijų atlikimą Departamento direktoriaus nustatytose administravimo srityse;
21.2. padeda Departamento direktoriui formuoti ir įgyvendinti Departamento tikslus;
21.3. dalyvauja planuojant Departamento veiklą;
21.4. atlieka kitas Departamento direktoriaus įsakymais nustatytas funkcijas.
22. Nesant Departamento direktoriaus (ligos, atostogų, komandiruotės ir kitais atvejais), jo funkcijas atlieka Departamento direktoriaus pavaduotojas, o šiam laikinai negalint eiti savo pareigų – kitas ministro paskirtas Departamento valstybės tarnautojas.
25. Departamento metinių veiklos planų įgyvendinimo kontrolę atlieka Departamento direktorius, o vidaus kontrolę – Departamento direktoriaus paskirti Departamento valstybės tarnautojai arba darbuotojai.