12. Nacionalinės bibliotekos veikla organizuojama vadovaujantis kultūros ministro įsakymu tvirtinamu Nacionalinės bibliotekos strateginiu veiklos planu ir Nacionalinės bibliotekos generalinio direktoriaus tvirtinamu metiniu veiklos planu, kurie skelbiami Nacionalinės bibliotekos interneto svetainėje.
13. Nacionalinės bibliotekos veikla reguliuojama Nacionalinės bibliotekos generalinio direktoriaus tvirtinamais: Nacionalinės bibliotekos darbo reglamentu, Nacionalinės bibliotekos vidaus tvarkos taisyklėmis, struktūrinių padalinių nuostatais, darbuotojų pareigybių aprašymais ir kitais vidaus administravimo teisės aktais.
14. Nacionalinei bibliotekai vadovauja generalinis direktorius, kurį Darbo kodekso, Bibliotekų įstatymo ir Vyriausybės nustatyta tvarka konkurso būdu skiria į pareigas penkerių metų kadencijai ir iš jų atleidžia kultūros ministras. Nacionalinės bibliotekos generalinis direktorius yra tiesiogiai pavaldus ir atskaitingas kultūros ministrui.
15. Nacionalinės bibliotekos generalinis direktorius gali turėti pavaduotojų, kuriuos jis priima į pareigas ir atleidžia Lietuvos Respublikos įstatymų nustatyta tvarka. Nacionalinės bibliotekos generalinio direktoriaus pavaduotojai tiesiogiai pavaldūs ir atskaitingi Nacionalinės bibliotekos generaliniam direktoriui, kuris nustato jiems administravimo sritis ir paveda atitinkamas funkcijas.
16. Nacionalinės bibliotekos generalinis direktorius:
16.1. vadovauja Nacionalinei bibliotekai, organizuoja jos darbą, užtikrina Nacionalinės bibliotekos tikslų įgyvendinimą, nustatytų funkcijų atlikimą, pavestų uždavinių vykdymą;
16.2. teisės aktų nustatyta tvarka atstovauja Nacionalinei bibliotekai teismuose, kitose Lietuvos Respublikos ir užsienio valstybių institucijose, įstaigose ir tarptautinėse organizacijose;
16.3. užtikrina, kad Nacionalinės bibliotekos veikloje būtų laikomasi įstatymų ir kitų teisės aktų;
16.4. teikia kultūros ministrui Nacionalinės bibliotekos veiklos ir Lietuvos Respublikos Vyriausybės programos ir jos įgyvendinimo priemonių vykdymo ataskaitas;
16.5. priima įsakymus ir kontroliuoja, kaip jie vykdomi, pasirašo įgaliojimus, sutartis ir kitus Nacionalinės bibliotekos veiklą reglamentuojančius dokumentus;
16.6. tvirtina Nacionalinės bibliotekos organizacinę struktūrą ir darbuotojų pareigybių sąrašą, neviršydamas Kultūros ministerijos nustatyto didžiausio leistino pareigybių skaičiaus;
16.7. tvirtina įstaigos darbo tvarkos taisykles, darbuotojų pareigybių aprašymus, kitus vidaus administravimo tvarkomuosius dokumentus;
16.8. teisės aktų nustatyta tvarka priima į pareigas ir iš jų atleidžia Nacionalinės bibliotekos darbuotojus, nustato darbuotojų pareiginės algos pastoviosios ir (ar) kintamosios dalies koeficientus, skiria priemokas ir premijas, neviršijant darbo užmokesčiui skirtų asignavimų, suteikia jiems atostogas, siunčia į komandiruotes, sudaro sąlygas jiems tobulinti kvalifikaciją, atlieka kitas personalo valdymo funkcijas;
16.9. tvirtina įstaigos pajamų ir išlaidų sąmatas, užtikrina, kad Nacionalinės bibliotekos finansiniai įsipareigojimai neviršytų įstaigos finansinių galimybių;
16.10. organizuoja vidaus kontrolės, įskaitant finansų kontrolę, sistemos sukūrimą, jos tinkamą veikimą bei tobulinimą, racionalų ir taupų lėšų bei turto naudojimą;
16.11. teisės aktų nustatyta tvarka teikia finansines ir kitas privalomas ataskaitas, užtikrina, kad pagal Lietuvos Respublikos viešojo sektoriaus atskaitomybės įstatymą teikiami ataskaitų rinkiniai ir statistinės ataskaitos būtų teisingi;
16.12. sudaro ir tvirtina redakcinių kolegijų, LIBIS valdybos, kitų patariamųjų tarybų, darbo grupių ir komisijų nuostatus, sudėtis, jų planus ir darbo ataskaitas;
16.13. atlieka įstatymų ir kitų teisės aktų jam pavestas funkcijas.
17. Nacionalinės bibliotekos generalinio direktoriaus pavaduotojai:
17.1. pagal jiems nustatytas administravimo sritis atsako už Lietuvos Respublikos įstatymų, Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimų, kitų teisės aktų įgyvendinimo organizavimą ir koordinavimą;
17.2. pagal jiems nustatytas administravimo sritis koordinuoja struktūrinių padalinių veiklą;
17.3. atlieka kitas Nacionalinės bibliotekos generalinio direktoriaus jiems pavestas funkcijas.
18. Nacionalinės bibliotekos darbuotojų darbo santykius ir darbo apmokėjimą reglamentuoja Lietuvos Respublikos darbo kodeksas, Bibliotekų įstatymas, Lietuvos Respublikos valstybės ir savivaldybių įstaigų darbuotojų darbo apmokėjimo ir komisijų narių atlygio už darbą įstatymas ir kiti teisės aktai.
19. Nacionalinėje bibliotekoje sudaroma patariamojo balso teisę turinti kolegiali institucija − Mokslo taryba. Ji teikia pasiūlymus Nacionalinės bibliotekos strategijos, paslaugų, leidybos, mokslo tiriamosios veiklos, darbuotojų kvalifikacijos tobulinimo ir kitais veiklos bei darbo organizavimo klausimais. Mokslo tarybos narių skaičių, sudėtį ir darbo reglamentą tvirtina Nacionalinės bibliotekos generalinis direktorius. Į Mokslo tarybos sudėtį įeina du Kultūros ministerijos atstovai, iš kurių vienas – kultūros viceministras.