9. Muziejaus veiklos pagrindiniai tikslai:
9.1. kaupti, saugoti, tyrinėti ir populiarinti istorijos, archeologijos, etnografijos, technikos ir meno muziejines vertybes, parodančias Trakų vaivadijos, Trakų ir Medininkų pilių, Trakų miesto, Lietuvos valstybingumo formavimosi istoriją, derinti kaupimą bei saugojimą su informacijos visuomenei teikimu;
9.2. susieti kultūros paveldo saugojimą su visuomenės kultūros ir edukacijos poreikių tenkinimu bei kultūros paslaugų teikimu;
9.3. puoselėti ir saugoti tautinį tapatumą bei jį aktualizuoti, ugdyti visuomenės istorinę ir kultūrinę savimonę, viešinant ir gyvai perteikiant tautos materialinį bei dvasinį kultūros paveldą, jo produktus;
10. Įgyvendindamas šiuos tikslus, Muziejus vykdo šias funkcijas:
10.1. įsigyja ir sistemina muziejinę bei istorinę vertę turinčius eksponatus, formuoja Muziejaus rinkinius, parodančius Trakų vaivadijos, Trakų ir Medininkų pilių, Trakų miesto, Lietuvos valstybingumo formavimosi istoriją;
10.2. kaupia informaciją apie muziejines vertybes, parodančias Trakų vaivadijos, Trakų ir Medininkų pilių, Trakų miesto istoriją, Lietuvos valstybingumo formavimąsi, esančias kitose Lietuvos atminties institucijose, viešųjų ir privačių juridinių asmenų, fizinių asmenų privačiuose rinkiniuose;
10.3. vykdo muziejinių vertybių apskaitą ir vertinimą tikrąja verte;
10.4. organizuoja sukauptų muziejinių vertybių apsaugą;
10.5. organizuoja ir vykdo sukauptų muziejinių vertybių prevencinį konservavimą ir restauravimą;
10.6. savarankiškai ir/arba kartu su mokslo ir studijų institucijomis, mokslinių tyrimų įstaigomis ir/arba nepriklausomais mokslininkais vykdo Muziejaus rinkinių tyrimus, organizuoja mokslines ekspedicijas;
10.7. vykdo Muziejaus rinkinių viešinimo veiklas: rengia nuolatines ekspozicijas, laikinas ir virtualias parodas, kitus renginius Lietuvoje ir užsienyje, Muziejaus rinkinius ir jų tyrimus populiarinančius leidinius tradiciniu ir elektroniniu formatu;
10.8. organizuoja neformalųjį vaikų ir suaugusiųjų švietimą, rengia ir vykdo edukacijos programas;
10.9. vykdo kultūrinio turizmo veiklas;
10.10. vykdo Trakų Salos pilies, Trakų Pusiasalio pilies liekanų ir kitų statinių komplekso bei Medininkų pilies, kaip unikalių kultūros paveldo vertybių, priežiūrą;
10.11. organizuoja sukauptų muziejinių vertybių skaitmeninimą ir jų viešinimą per Lietuvos integralią muziejų informacinę sistemą (LIMIS), rengia ir vykdo skaitmeninimo projektuos Lietuvoje ir užsienyje;
10.12. atlieka istorijos rūšies muziejų ir juose esančių rinkinių apsaugos, apskaitos, eksponavimo ir tyrimo metodinio centro funkcijas: teikia konsultacijas kitų istorijos rūšies muziejų specialistams, organizuoja dalijimosi gerąja praktika veiklas, teikia pasiūlymus Ministerijai dėl susijusio teisinio reglamentavimo ir muziejų darbuotojų gebėjimų tobulinimo;
10.13. deleguoja Muziejaus specialistus Ministerijos atstovams kontroliuojant istorijos rūšies muziejų veiklą ir jų rinkinių apskaitą ir apsaugą;
10.14. rengia, leidžia ir platina su Muziejaus veikla susijusius leidinius;
10.15. organizuoja konferencijas, seminarus, kitus renginius, susijusius su Muziejaus veiklos tikslais;
10.16. teikia lankytojų aptarnavimo paslaugas Muziejuje;
10.17. rengia ir vykdo regioninius, nacionalinius ir tarptautinius, Europos Sąjungos fondų ir kitų bendradarbiavimo programų projektus Muziejaus plėtros, kultūros, turizmo, visuomenės dvasinės ir socialinės gerovės srityse;
10.18. organizuoja Muziejaus veiklų pristatymą viešojoje ir virtualioje erdvėje;
10.19. vykdo bendras veiklas su kitomis valstybinėmis, tarptautinėmis ir visuomeninėmis organizacijomis, veikiančiomis muziejų srityje;
10.20. pagal juridinių ir fizinių asmenų prašymus, Muziejaus pasirašytas sutartis teikia muziejinių vertybių skaitmeninius vaizdus;
10.21. formuoja Muziejaus bibliotekos fondus;
10.22. atlieka kitas teisės aktuose numatytas funkcijas.