9. Muziejaus veiklos pagrindiniai tikslai:
9.1. kaupti, saugoti, tyrinėti, konservuoti, restauruoti bei populiarinti Lietuvos – senosios Žemaičių seniūnijos, senosios Žemaičių vyskupijos ir Telšių vyskupijos – istorijos, archeologijos, etnografijos, gamtos, meno, ikonografijos ir sakralines vertybes;
9.2. susieti kultūros paveldo apsaugą su visuomenės informavimo, kultūros ir edukacijos poreikių tenkinimu bei kultūros paslaugų teikimu;
9.3. ugdyti visuomenės istorinę ir kultūrinę savimonę, puoselėti regiono kultūros tapatumą bei jį aktualinti.
10. Įgyvendindamas šiuos tikslus, Muziejus vykdo šias funkcijas:
10.1. įsigyja, tiria ir sistemina Lietuvos – senosios Žemaičių seniūnijos, senosios Žemaičių vyskupijos ir Telšių vyskupijos – istorijos, archeologijos, etnografijos, gamtos, meno, ikonografijos ir sakralines vertybes;
10.2. užtikrina sukauptų muziejinių vertybių apskaitą, tinkamas saugojimo sąlygas ir apsaugą, jų konservavimą ir restauravimą;
10.3. sudaro sąlygas Muziejuje saugomų muziejinių vertybių viešinimui: rengia nuolatines ir laikinas ekspozicijas, parodas bei kitus renginius Lietuvoje ir užsienyje, publikuoja Muziejaus rinkinių ir kitų tyrimų rezultatus;
10.4. kaupia informaciją apie Muziejaus rinkinių profilį atitinkančias muziejines vertybes, esančias kituose Lietuvos muziejuose, įstaigose, paveldo institucijose bei privačiuose rinkiniuose Lietuvoje ir užsienyje;
10.5. organizuoja neformalųjį vaikų ir suaugusiųjų švietimą, rengia ir vykdo edukacijos programas;
10.6. bendradarbiaujant su mokslo institucijomis ir mokslininkais, organizuoja ir vykdo mokslinius tyrimus bei mokslo populiarinimo veiklą senosios Žemaičių seniūnijos, senosios Žemaičių vyskupijos ir Telšių vyskupijos istorijos ir kultūros bei kitomis temomis, rengia konferencijas ir seminarus šių tyrimų rezultatams pristatyti;
10.7. įgyvendindamas tikslus, susijusius su senosios Žemaičių vyskupijos ir Telšių vyskupijos vertybėmis, bendradarbiauja su Telšių ir kitomis vyskupijomis;
10.8. užtikrina Muziejaus rinkinių prieinamumą visuomenei, vykdo muziejinių vertybių skaitmeninimą, bendradarbiauja skaitmeninimo projektuose Lietuvoje ir užsienyje;
10.9. pagal juridinių ir fizinių asmenų prašymus, Muziejaus pasirašytas sutartis teikia muziejinių vertybių skaitmeninius vaizdus;
10.10. dalyvauja rengiant ir įgyvendinant Lietuvos muziejų fondų kompiuterizuotos apskaitos programas;
10.11. atlieka istorijos rūšies Lietuvos muziejų ir juose esančių rinkinių apskaitos, apsaugos ir tyrimo metodinio centro funkcijas;
10.12. dalyvauja Ministerijos atstovams kontroliuojant kitų istorijos rūšies muziejų veiklą, jų rinkinių apskaitą ir apsaugą;
10.13. dalyvauja bendruose muziejų bei kitų įstaigų projektuose, bendradarbiauja su muziejais ir kitomis institucijomis Lietuvoje bei užsienyje;
10.14. rengia ir įgyvendina regioninius ir tarptautinius projektus bei programas Muziejaus plėtros, kultūrinio turizmo, visuomenės dvasinės, fizinės ir socialinės gerovės srityse;
10.15. prisideda prie istorijos rūšies Lietuvos muziejų darbuotojų tobulinimosi programų rengimo ir vykdymo;
10.16. rengia, leidžia ir platina su Muziejaus veikla susijusius leidinius;
10.17. pristato Muziejaus rinkinius, veiklą bei virtualias parodas viešojoje erdvėje;
10.18. organizuoja konferencijas, seminarus ir kitus renginius, susijusius su Muziejaus veiklos tikslais;
10.19. plėtoja lankytojų aptarnavimo paslaugas;
10.20. plėtoja kultūrinio turizmo veiklas;
10.21. veisia Žemaitukų veislės žirgus, prisideda prie šios veislės žirgų populiacijos išsaugojimo;
10.22. formuoja Muziejaus bibliotekos fondus, juos apskaito ir viešina per Lietuvos integralią bibliotekų informacinę sistemą;
10.23. atlieka kitas teisės aktuose nustatytas funkcijas.
