5. Direkcijos paskirtis – Kultūrinio rezervato apsaugos, tvarkymo ir naudojimo organizavimas, muziejinė veikla.
6. Direkcijos veiklos tikslai:
6.1. saugoti, tvarkyti, prižiūrėti Kernavės archeologinę vietovę (Kultūrinį rezervatą), įrašytą į Pasaulio paveldo objektų sąrašą, užtikrinti šio teritorinio paveldo objektų komplekso ir kultūrinio kraštovaizdžio autentiškumo išsaugojimą;
6.2. vykdyti Kultūrinio rezervato teritorijoje ir jo buferinės apsaugos zonoje esančių archeologinių ir istorinių vertybių mokslinius tyrimus;
6.3. organizuoti muziejinę veiklą – kaupti, apskaityti, saugoti, konservuoti, restauruoti ir eksponuoti muziejinius rinkinius, kurie sudaromi archeologinių tyrimų medžiagos pagrindu;
6.4. propaguoti saugomas nekilnojamąsias ir kilnojamąsias kultūros vertybes, sukurti sąlygas plėtoti pažintinį kultūrinį turizmą.
7. Direkcija, siekdama jai nustatytų veiklos tikslų, atlieka šias funkcijas:
7.1. organizuoja ir vykdo Kultūrinio rezervato apsaugos, tvarkybos, priežiūros, pritaikymo lankymui ir naudojimo darbus;
7.2. vadovaudamasi Lietuvos Respublikos teritorijų planavimo įstatymu, Lietuvos Respublikos statybos įstatymu, Kultūrinio rezervato buferinės apsaugos zonos individualiu apsaugos reglamentu, patvirtintu Lietuvos Respublikos kultūros ministro 2005 m. rugpjūčio 16 d. įsakymu Nr. ĮV-360 „Dėl Valstybinio Kernavės kultūrinio rezervato buferinės apsaugos zonos individualaus apsaugos reglamento patvirtinimo“, kitų Lietuvos Respublikos įstatymų ir teisės aktų bei teritorijų planavimo dokumentų reikalavimais, visoje Kultūrinio rezervato bei jo buferinės apsaugos zonos teritorijoje pagal kompetenciją nustato specialiąsias sąlygas ir reikalavimus, kurių būtina laikytis rengiant teritorijų planavimo dokumentų, statinių ir įrenginių statybos, susisiekimo komunikacijų, inžinerinių tinklų ir kitų objektų projektus, juos tikrina ir (ar) derina, dalyvauja statinių užbaigimo procedūrose, taip pat derina žemėtvarkos ir miškotvarkos projektus;
7.3. Kultūros ministro pavedimu organizuoja Kultūrinio rezervato teritorijų planavimo dokumentų, individualių apsaugos reglamentų bei kitų veiklą Kultūrinio rezervato ir jo buferinės apsaugos zonoje reglamentuojančių dokumentų, kurių organizatoriumi Direkcija gali būti pagal Lietuvos Respublikos įstatymus ir kitus teisės aktus, rengimą ar jų keitimą;
7.4. pagal kompetenciją kontroliuoja fizinių bei juridinių asmenų ūkinę ir kitą veiklą visoje Kultūrinio rezervato ir jo buferinės apsaugos zonos teritorijose;
7.5. vykdo Kultūrinio rezervato stebėseną Kultūros paveldo vietovių stebėsenos taisyklių, patvirtintų kultūros ministro 2012 m. vasario 6 d. įsakymu Nr. ĮV-94 „Dėl Kultūros paveldo vietovių stebėsenos taisyklių patvirtinimo“, nustatyta tvarka;
7.6. teikia kultūros ministrui tvirtinti Direkcijos veiklos planus ir tikslines programas, jų įgyvendinimo metines ataskaitas;
7.7. vykdo muziejinę veiklą – kaupia, apskaito, saugo, konservuoja, restauruoja ir eksponuoja muziejinius rinkinius ir kolekcijas, kurių pagrindą sudaro nuolatinių archeologinių tyrimų medžiaga, rengia ekspozicijas, organizuoja parodas;
7.8. vykdo mokslinę tiriamąją veiklą:
7.8.1. vykdo Kultūrinio rezervato teritorijoje ir buferinės apsaugos zonoje esančių paveldo objektų (vertybių) archeologinius tyrimus;
7.8.2. visapusiškai tiria savo muziejinius rinkinius, formuoja jų struktūrą, darbo rezultatus fiksuoja archeologinių tyrimų ataskaitose, monografijose, straipsniuose, kataloguose ir kartotekose;
7.8.3. atlieka eksperimentinės archeologijos darbus;
7.8.4. propaguoja mokslinio tiriamojo darbo rezultatus;
7.8.5. organizuoja mokslinius seminarus ir konferencijas;
7.8.6. saugo ir naudoja savo darbuotojų mokslinio darbo rezultatus remdamasi Lietuvos Respublikos autorių ir gretutinių teisių įstatymu ir kitais, šią sritį reglamentuojančiais teisės aktais;
7.9. vykdo leidybinę veiklą;
7.10. vykdo švietėjišką veiklą:
7.10.1. propaguoja Kultūriniame rezervate saugomas nekilnojamąsias ir kilnojamąsias kultūros vertybes;
7.10.2. organizuoja temines ekskursijas po muziejinę ekspoziciją, Kultūrinio rezervato teritoriją ir joje vykdomų archeologinių tyrimų vietas;
7.10.3. rengia ir įgyvendina edukacines programas;
7.10.4. organizuoja eksperimentinės archeologijos ir kitus kultūrinius renginius Kernavėje;
7.11. kaupia biblioteką ir archyvą;
7.12. rengia ir teikia tvirtinti kultūros ministrui Kultūrinio rezervato naudojimo ir lankymo taisykles;
7.13. vykdo kitas funkcijas, numatytas Lietuvos Respublikos įstatymuose, Kultūrinio rezervato nuostatuose ir kituose Lietuvos Respublikos teisės aktuose.
8. Direkcijos tvarkomi muziejiniai rinkiniai ir kolekcijos yra nedalomi ir skirstomi į pagrindinio ir pagalbinio rinkinių eksponatus. Apskaitoje esantys muziejiniai rinkiniai skirstomi į grupes, kurioms suteikiami šie šifrai: A – archeologijos rinkinys, N – numizmatikos rinkinys, I – istorijos rinkinys, E – etnografijos rinkinys, R – raštijos rinkinys, F – foto rinkinys, AP – archeologijos pagalbinis rinkinys, FP – foto pagalbinis rinkinys, KP – kitas pagalbinis rinkinys; bendras Valstybinio Kernavės kultūrinio rezervato direkcijos muziejinių rinkinių šifras – KMR (Kernavės muziejus rezervatas), archeologinių tyrimų ataskaitų šifras – KMR TA.