9. Muziejaus veiklos pagrindiniai tikslai:
9.1. kaupti, saugoti, tyrinėti, konservuoti, restauruoti bei populiarinti Lietuvos istorijos Žemaitijos regiono istorijos, archeologijos, etnografijos, gamtos ir meno vertybes;
9.2. ugdyti visuomenės istorinę ir kultūrinę savimonę, puoselėti regiono kultūros tapatumą bei jį aktualinti;
9.3. susieti istorijos, etninės kultūros ir kultūros paveldo apsaugą su visuomenės informacijos, kultūros bei edukacijos poreikiais ir kultūros paslaugų teikimu.
10. Įgyvendindamas šiuos tikslus, Muziejus vykdo šias funkcijas:
10.1. įsigyja, tiria ir sistemina muziejinę bei istorinę vertę turinčius eksponatus, formuoja Muziejaus archeologijos, istorijos, etnografijos, dailės, fotografijos, numizmatikos rinkinius, atspindinčius Lietuvos Žemaitijos regiono istoriją ir kultūrą;
10.2. užtikrina sukauptų muziejinių vertybių apskaitą, tinkamas saugojimo sąlygas ir apsaugą, jų konservavimą ir restauravimą;
10.3. vykdo muziejinių vertybių skaitmeninimą ir jų viešinimą per Lietuvos integralią muziejų informacinę sistemą LIMIS, bendradarbiauja skaitmeninimo projektuose Lietuvoje ir užsienyje;
10.4. kaupia informaciją apie Muziejaus rinkinių profilį atitinkančias muziejines vertybes, esančias kituose Lietuvos muziejuose, paveldo institucijose bei privačiose kolekcijose Lietuvoje ir užsienyje;
10.5. sudaro sąlygas Muziejuje saugomų muziejinių vertybių viešinimui: rengia nuolatines ir laikinas ekspozicijas, parodas bei kultūros ir edukacinius renginius Muziejuje, Lietuvoje ir užsienyje, publikuoja rinkinių tyrimų rezultatus;
10.6. kartu su švietimo įstaigomis rengia ir vykdo muziejines moksleivių lavinimo programas;
10.7. organizuoja ir vykdo mokslinius tyrimus, rengia mokslines konferencijas, seminarus Žemaitijos regiono istorijos ir kultūros bei kitomis temomis;
10.8. veisia ir daugina Žemaitukų veislės žirgus, prisideda prie šios veislės žirgų išsaugojimo;
10.9. atlieka savo rūšies muziejuose esančių rinkinių apskaitos, apsaugos ir tyrimo metodinio centro funkcijas;
10.10. dalyvauja Ministerijos atstovams kontroliuojant kitų savo rūšies muziejų veiklą, jų rinkinių apskaitą ir apsaugą;
10.11. prisideda prie savo rūšies muziejų darbuotojų tobulinimosi programų rengimo ir vykdymo;
10.12. rengia, leidžia ir platina su Muziejaus veikla susijusius leidinius;
10.13. rengia muziejinių vertybių kompiuterizuotos apskaitos programas;
10.14. rengia su Muziejaus veikla susijusią informaciją elektroninėse laikmenose, pristato Muziejaus veiklą interneto svetainėse;
10.15. rengia ir vykdo valstybės investicijų, tarptautinių fondų ir muziejinės veiklos projektus;
10.16. pagal juridinių ir fizinių asmenų prašymus, Muziejaus pasirašytas sutartis teikia muziejinių vertybių skaitmeninius vaizdus;
10.17. bendradarbiauja su giminingais muziejais Lietuvoje ir užsienyje;
10.18. plėtoja lankytojų aptarnavimo paslaugas Muziejuje;
10.19. formuoja Muziejaus bibliotekos fondus;
10.20. plėtoja kultūrinio turizmo veiklas;
10.21. teikia metines veiklos ataskaitas bei darbo planus Ministerijai;
10.22. atlieka kitas teisės aktuose nustatytas funkcijas.