9. Muziejaus veiklos pagrindiniai tikslai:
9.1. kaupti ir išsaugoti Lietuvos archeologijos, istorijos ir etninės kultūros vertybes;
9.2. susieti nacionalinio paveldo istorinių vertybių kaupimą ir saugojimą su informacijos visuomenei teikimu, visuomenės švietimu, istorinės savimonės ugdymu;
9.3. saugoti ir puoselėti nacionalinės kultūros tapatumą;
9.4. plėtoti informacinę visuomenę;
9.5. skatinti nacionalinės kultūros atvirumą.
10. Įgyvendindamas tikslus, Muziejus vykdo šias funkcijas:
10.1. kaupdamas muziejines vertybes formuoja Lietuvos archeologijos, istorijos, etninės kultūros, ikonografijos, numizmatikos rinkinius;
10.2. organizuoja archeologų, istorikų ir etnografų ekspedicijas;
10.3. užtikrina sukauptų vertybių apskaitą, tinkamas saugojimo sąlygas, vertybių konservavimą ir restauravimą;
10.4. tiria ir sistemina sukauptus rinkinius;
10.5. rengia ekspozicijas, parodas, renginius Lietuvoje ir užsienyje, populiarina ir aktualizuoja archeologinį, istorinį ir etninį Lietuvos kultūros paveldą;
10.6. Muziejaus rinkinius ir veiklą pristato savo interneto svetainėje;
10.7. rengia, leidžia ir platina su Muziejaus veikla susijusius leidinius;
10.8. kaupia informaciją apie istorines lituanistines vertybes, esančias kituose Lietuvos muziejuose, privačiuose rinkiniuose, užsienyje;
10.9. įgyvendina kultūrinio bendradarbiavimo projektus Lietuvoje ir užsienyje;
10.10. kartu su švietimo įstaigomis rengia ir vykdo moksleivių švietimo programas;
10.11. rengia archeologijos, istorijos, etninės kultūros ir kitų su muziejaus veikla susijusių rinkinių kompiuterizuotos apskaitos programas;
10.12. padeda rengti muziejų veiklą reglamentuojančius teisės aktų projektus;
10.13. dalyvauja kartu su Ministerijos atstovais kontroliuojant kitų muziejų veiklą, juose esančių rinkinių apskaitą ir apsaugą;
10.14. prisideda prie muziejų darbuotojų tobulinimosi programų rengimo ir vykdymo;
10.15. atlieka savo rūšies Lietuvos muziejų ir juose esančių rinkinių metodinio apskaitos apsaugos, tyrimo ir eksponavimo centro funkcijas;
10.16. formuoja Muziejaus bibliotekos fondus;
10.17. atlieka kitas teisės aktuose numatytas funkcijas.