1. Teisinės sistemos reforma vykdoma trimis etapais. Atsižvelgiant į skirtingą įvairių teisėsaugos institucijų reformavimo laipsnį bei materialinių išteklių poreikį, reforma turėtų trukti 10–15 metų. Reformos skaidymas etapais yra santykinis, nes vykdyti organizacines priemones, rengti ir perkvalifikuoti specialistus, rengti įstatymų projektus, šiuos įstatymus priimti, formuoti materialinę bazę numatoma visais etapais.
2. Pirmajame teisinės sistemos reformos etape parengiama teisinė bazė. Šio etapo trukmė iki 3 metų. Visų pirma priimamas Lietuvos Respublikos administracinio-teritorinio padalijimo įstatymas, kuriuo remiantis tikslinamos ir derinamos teritorijos, kuriose veikia apylinkių ir apygardų teismai, prokuratūros prie šių teismų, kiti teisėsaugos institucijų struktūriniai padaliniai, nustatomi šių institucijų materialiniai finansiniai (ypač patalpų, darbo užmokesčio, technikos) poreikiai. Parengiami ir priimami teismų ir teisėsaugos institucijų struktūrą ir kompetenciją reglamentuojantys įstatymai, taip pat būtini procesinių įstatymų pakeitimai bei papildymai.
Priėmus naujus įstatymus, Lietuvos Respublikos valstybinis arbitražas pertvarkomas į Lietuvos Respublikos ūkinį teismą, reorganizuojama advokatūra ir notariatas. Iš dalies reformuojamas Lietuvos Respublikos valstybės kontrolės departamentas ir Valstybinė mokesčių inspekcija, kurie pradeda vykdyti Teisinės sistemos reformos metmenyse numatytas funkcijas. Pataisos reikalų departamentas prie Vidaus reikalų ministerijos (toliau vadinama Pataisos reikalų departamentas) pertvarkomas į savarankišką instituciją, numatant nuo 1995 metų ją tiesiogiai finansuoti iš Lietuvos valstybės biudžeto ir nustatant jos santykius su Teisingumo ministerija ir Vidaus reikalų ministerija.
Pirmajame etape, vadovaujantis Lietuvos Respublikos teismų įstatymu, Lietuvos Respublikos Aukščiausiajame Teisme sudaromas Senatas, kuris pradeda nagrinėti teismų praktiką ir teikti teismams rekomendacijas, kaip taikyti įstatymus. Be to, sudaroma teisėjų taryba, kuri Lietuvos Respublikos Konstitucijoje numatytais atvejais pataria Lietuvos Respublikos Prezidentui teisėjų skyrimo, perkėlimo ar atleidimo iš pareigų klausimais.
Vadovaujantis Lietuvos Respublikos prokuratūros įstatymu ir Tarnybos prokuratūroje statutu, suderinamos sąlygos ir tvarka, kuriomis dalis prokuratūros funkcijų perduodama Lietuvos Respublikos Seimo kontrolieriams ir Lietuvos Respublikos Vyriausybės atstovams (šios institucijos suformuojamos pirmajame etape), taip pat teismams, valstybės kontrolės ir kitoms institucijoms.
Šiame etape Lietuvos Respublikos generalinė prokuratūra pertvarkoma į Generalinę prokuratūrą prie Lietuvos Respublikos Aukščiausiojo Teismo, o rajonų prokuratūros į prokuratūras prie apylinkių teismų.
Papildžius Lietuvos Respublikos baudžiamojo proceso kodeksą, Lietuvos Respublikos valstybės kontrolės departamento ir Valstybinės mokesčių inspekcijos pareigūnams pagal kompetenciją suteikiami kvotėjų įgaliojimai.
3. Antrajame teisinės sistemos reformos etape galutinai suformuojama teisinė bazė ir reformuojami teismai bei teisėsaugos institucijos. Šiame etape priimami baudžiamojo bei civilinio procesų įstatymai, taip pat išsprendžiami organizaciniai ir kadrų klausimai. Priėmus baudžiamojo bei civilinio procesų įstatymus, pradeda veikti Lietuvos Respublikos Konstitucijoje numatyta teismų sistema, taip pat funkcionuoti įstatymuose numatyta prokuratūra prie Lietuvos apeliacinio teismo ir prokuratūros prie apygardų teismų. Apylinkių teismai pradeda nagrinėti asmenų ir organizacijų skundus dėl miestų (rajonų) tarybų ir vykdomųjų institucijų aktų ar veiksmų, pažeidžiančių asmenų ar organizacijų teises.
Priėmus Lietuvos Respublikos baudžiamojo proceso kodeksą, kvota tampa svarbiausiąja tyrimo forma iki teismo, kvotą vykdo policijos ir kiti kvotėjai vadovaujami prokurorų. Tardymo departamentas prie Vidaus reikalų ministerijos ir parengtinio tardymo padaliniai vidaus reikalų sistemoje bei prokuratūroje likviduojami (išskyrus Teisinės sistemos reformos metmenyse numatytą atvejį). Tardytojai perkeliami į kvotėjų arba prokurorų pareigas, palikus jiems nurodytuosiuose metmenyse numatytas socialines garantijas.
Priėmus Lietuvos Respublikos Seimo sprendimą, iš prokuratūros perimama bausmių vykdymo priežiūra (Teisingumo ministerija) bei dalis bendrosios kompetencijos (Lietuvos Respublikos Seimo kontrolieriai, valstybės kontrolės institucijų, Lietuvos Respublikos Vyriausybės atstovai).
Priėmus Lietuvos Respublikos bausmių vykdymo kodeksą ir išsprendus tam tikrus organizacinius klausimus, Lietuvos Respublikos Vyriausybės sprendimu Pataisos reikalų departamentas įjungiamas į Teisingumo ministerijos struktūrą.
