1. Bausmių vykdymas grindžiamas šiais principais:
1) teisėtumo. Šio principo esmė ta, kad bausmės vykdymo pagrindas yra tik įsiteisėjęs apkaltinamasis Lietuvos Respublikos teismo nuosprendis arba Lietuvos Respublikos baudžiamojo proceso kodekso 315 straipsnyje nustatytu atveju – neįsiteisėjęs apkaltinamasis Lietuvos Respublikos teismo nuosprendis, o Lietuvos Respublikos tarptautinių sutarčių ir Lietuvos Respublikos įstatymų numatytais atvejais bausmės vykdymo pagrindas yra užsienio valstybės teismo arba tarptautinės teisminės institucijos įsiteisėjęs apkaltinamasis nuosprendis (sprendimas);
2) nuteistųjų lygybės taikant bausmių vykdymo įstatymus. Šio principo esmė ta, kad taikant bausmių vykdymo įstatymus visi nuteistieji yra lygūs, nepaisant jų lyties, rasės, tautybės, pilietybės, kalbos, kilmės, socialinės padėties, tikėjimo, įsitikinimų ar pažiūrų, amžiaus, lytinės orientacijos, negalios, etninės priklausomybės, religijos ir kitų aplinkybių;
3) konfidencialumo. Šio principo esmė ta, kad draudžiama, išskyrus 2016 m. balandžio 27 d. Europos Parlamento ir Tarybos reglamente (ES) 2016/679 dėl fizinių asmenų apsaugos tvarkant asmens duomenis ir dėl laisvo tokių duomenų judėjimo ir kuriuo panaikinama Direktyva 95/46/EB (Bendrasis duomenų apsaugos reglamentas), kituose asmens duomenų apsaugos sritį reglamentuojančiuose Europos Sąjungos ir Lietuvos Respublikos teisės aktuose numatytus atvejus, filmuoti ar fotografuoti nuteistuosius, teikti jų asmens ir su bausmės vykdymu susijusius duomenis kitiems asmenims be išankstinio nuteistojo sutikimo;
4) bausmių vykdymo individualizavimo. Šio principo esmė ta, kad vykdant bausmes turi būti atsižvelgiama į nuteistojo asmenybę, elgesį bausmės atlikimo metu. Vykdant bausmę, taip pat turi būti atsižvelgiama į nuteistojo nusikalstamo elgesio rizikos vertinimo rezultatus ir kitas šio asmens resocializacijai svarbias aplinkybes;
5) humanizmo. Šio principo esmė ta, kad vykdant bausmes taikomos priemonės neturi apriboti nuteistojo teisių ir laisvių, jei tai nėra pagrįsta ir būtina; be to, bausmės vykdymu nesiekiama žmogaus kankinti, žiauriai su juo elgtis arba žeminti jo orumo, o medicinos, biologiniai ir kitokie mokslo bandymai su nuteistaisiais draudžiami, net jei patys nuteistieji sutiktų, kad jie būtų atliekami;
6) teisingo ir progresyvaus bausmių atlikimo. Šio principo esmė ta, kad nuteistojo teisinė padėtis, atsižvelgiant į jo nusikalstamo elgesio riziką ir elgesį bausmės atlikimo metu (nustatytų pareigų atlikimą ir draudimų laikymąsi, reagavimą į resocializacijos priemones), Lietuvos Respublikos baudžiamojo kodekso, Baudžiamojo proceso kodekso ir šio kodekso nustatyta tvarka gali būti švelninama arba griežtinama;
7) normalizavimo. Šio principo esmė ta, kad reikia siekti sukurti laisvės atėmimo bausmės atlikimo aplinką, padedančią nuteistajam geriau adaptuotis bausmės atlikimo vietoje ir, kiek tai yra įmanoma, atitinkančią įprasto gyvenimo laisvėje sąlygas;
8) atvirumo. Šio principo esmė ta, kad turi būti skatinamas valstybės ir savivaldybių institucijų ir įstaigų, nevyriausybinių organizacijų, asociacijų, valstybės pripažintų religinių bendruomenių ir bendrijų, kitų juridinių asmenų ar jų padalinių (toliau kartu – įstaigos ir organizacijos) bei patikimų savanorių įsitraukimas į bausmių vykdymo veiklą, užmezgami bendradarbiavimo ryšiai, kuriais siekiama sklandžios nuteistųjų integracijos į visuomenę.
2. Vykdant bausmes taip pat vadovaujamasi Lietuvos Respublikos probacijos įstatyme nustatytais principais.